FeatureCounts output .txt file not tab delimited

Hi all,

I ran the unix version of featureCounts on ChIPseq data using the following script:

featureCounts -F SAF -p -O -T 8 -a $MACS2/All_samples_peaks.saf -o $FEATURECOUNTS/All_samples_counts.txt $BAM/*.dedup.q30.bam

which ran successfully, no issues in the log or in the txt summary file. However, the output does not look as expected. It seems as though it is “;” delimited rather than tab delimited and I’m not sure what could have caused this output:

# Program:featureCounts v2.0.1; Command:"featureCounts" "-F" "SAF" "-p" "-O" "-T" "8" "-a" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/macs2/All_samples_peaks.saf" "-o" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/All_samples_counts.txt" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-input5_S15_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-sample5_S12_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-sample6_S13_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-input2_S14_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-sample1_S10_L008.dedup.q30.bam" "/rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-sample2_S11_L008.dedup.q30.bam" 
Geneid  Chr Start   End Strand  Length  /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-input5_S15_L008.dedup.q30.bam   /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-sample5_S12_L008.dedup.q30.bam  /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-rotenone-sample6_S13_L008.dedup.q30.bam  /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-input2_S14_L008.dedup.q30.bam    /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-sample1_S10_L008.dedup.q30.bam   /rds/general/user/mt2920/home/ChIPseq/bowtie2/BAM/dedup_q30/MT-290621-striatum-vehicle-sample2_S11_L008.dedup.q30.bam
gene_id 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1

etc etc.

Any thoughts or advice?

Thanks!