htsjdk.samtools.CSIIndex.getFirstLocusInBin java code examples | Tabnine

@Test
public static void testGetFirstLocusInBin() {
  Assert.assertEquals(csi.getFirstLocusInBin(bin1), 1);
  Assert.assertEquals(csi.getFirstLocusInBin(bin2), 1);
  Assert.assertEquals(csi.getFirstLocusInBin(bin3), 1);
  Assert.assertEquals(csi.getFirstLocusInBin(bin4), 1);
  Assert.assertEquals(csi.getFirstLocusInBin(bin5), 1);
  Assert.assertEquals(csi.getFirstLocusInBin(bin6), (1<<17) + 1);
  Assert.assertEquals(csi.getFirstLocusInBin(bin7), (1<<20)*7 + 1);
  Assert.assertEquals(csi.getFirstLocusInBin(bin8), (1<<14)*8 + 1);
  Assert.assertEquals(ucsi.getFirstLocusInBin(bin1), 1);
  Assert.assertEquals(ucsi.getFirstLocusInBin(bin2), 1);
  Assert.assertEquals(ucsi.getFirstLocusInBin(bin3), 1);
  Assert.assertEquals(ucsi.getFirstLocusInBin(bin4), 1);
  Assert.assertEquals(ucsi.getFirstLocusInBin(bin5), 1);
  Assert.assertEquals(ucsi.getFirstLocusInBin(bin6), (1<<18) + 1);
  Assert.assertEquals(ucsi.getFirstLocusInBin(bin7), (1<<21)*7 + 1);
  Assert.assertEquals(ucsi.getFirstLocusInBin(bin8), (1<<15)*8 + 1);
  Assert.assertEquals(ucsi.getFirstLocusInBin(bin9), (1<<12)*98404 + 1);
}