Freebayes for creating VCF : meaning of QUAL

Freebayes for creating VCF : meaning of QUAL

1

Hi,

I have 10 sorted Bam files 5 Male and 5 Female. I used Freebayes to create vcf files separately and then merged all 10 together. (ploidy 8)

The commands I used:

freebayes -f $REF -p 8 $SORTED_BAM > $OUTPUT (for each one)
bcftools merge $M1 $M3 $M5 $M7 $M9 $F1 $F2 $F4 $F6 $F8 -o $output_file

Here are some sample lines from my merged vcf file:

Looking at one snip, how could I know how many females and how many males have evidence for this snip? I wonder what parameter may help me with that..
Why is the QUAL 42.3447 at position 53, but the snip appears in only 2 of the 10 samples?

And how is it that NS is 1 and not 10?

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  M1.sorted.bam   M3.sorted.bam   M5.sorted.bam   M7.sorted.bam M9.sorted.bam   F1.sorted.bam   F2.sorted.bam   F4.sorted.bam   F6.sorted.bam   F8.sorted.bam
NC_048323.1     30      .       TG      T       9.93635 .       DPB=1.33333;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.07523;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=6;AB=0;ABP=0;AF=1;AO=2;CIGAR=1M1D1M;DPRA=0;EPP=7.35324;LEN=1;MEANALT=1;MQM=12;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=72;RPL=0;RPP=7.35324;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;TYPE=del;AN=24;AC=24  GT:DP:AD:RO:QR           :AO:QA  ./././././././.:.:.:.:.:.:.     ./././././././.:.:.:.:.:.:.     ./././././././.:.:.:.:.:.:.     ./././././././.:.:.:.:           .:.:.   ./././././././.:.:.:.:.:.:.     ./././././././.:.:.:.:.:.:.     ./././././././.:.:.:.:.:.:.     1/1/1/1/1/1/1/1:2:0,2:           0:0:2:70        1/1/1/1/1/1/1/1:2:0,2:0:0:2:49  1/1/1/1/1/1/1/1:2:0,2:0:0:2:72
NC_048323.1     36      .       T       C       9.89173 .       DPB=2;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.16491;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=2;AB=0;ABP=0;AF=1;AO=2;CIGAR=1X;DPRA=0;EPP=3.0103;LEN=1;MEANALT=1;MQM=12;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=53;RPL=0;RPP=7.35324;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;TYPE=snp;AN=4;AC=4   GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA .           /././.:.:.:.:.:.:.      ./././.:.:.:.:.:.:.     1/1/1/1:2:0,2:0:0:2:53  ./././.:.:.:.:.:.:.     ./././.:.:.:.:.:.:.     ./././           .:.:.:.:.:.:.   ./././.:.:.:.:.:.:.     ./././.:.:.:.:.:.:.     ./././.:.:.:.:.:.:.     ./././.:.:.:.:.:.:.
NC_048323.1     53      .       C       T       42.3447 .       DPB=3;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.03842;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=7;AB=0;ABP=0;AF=1;AO=3;CIGAR=1X;DPRA=0;EPP=9.52472;LEN=1;MEANALT=1;MQM=23;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=109;RPL=0;RPP=9.52472;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;TYPE=snp;AN=12;AC=12   GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA .           /././././././.:.:.:.:.:.:.      ./././././././.:.:.:.:.:.:.     1/1/1/1:3:0,3:0:0:3:104 ./././././././.:.:.:.:.:.:.     ./././           ././././.:.:.:.:.:.:.   1/1/1/1/1/1/1/1:4:1,3:1:26:3:109        ./././././././.:.:.:.:.:.:.     ./././././././.:.:.:.:.:.:.  .           /././././././.:.:.:.:.:.:.      ./././././././.:.:.:.:.:.:.


VCF


results


Freebayes


QUAL

• 29 views

Read more here: Source link